MACOVALL 2000 mantiene una contabilidad ajustada al Plan General Contable adaptado a las entidades sin fines lucrativos (RD 776/1998) desde su fundación, en enero del año 2000, a pesar de que tal actuación sólo es legalmente preceptiva para la Asociación desde su constitución como Grupo de Acción Local del PRODERCAL, en noviembre de 2002.
Las cuentas anuales se facilitan de forma resumida a todos los socios en las Asambleas Generales Ordinarias que se celebran al comienzo de cada nuevo ejercicio. Los Libros de Contabilidad de MACOVALL 2000 están a disposición de todos los socios que deseen consultarlos en las oficinas del Grupo, en San Cristóbal de Entreviñas.
Desde el año 2004 MACOVALL 2000 audita sus cuentas anualmente. Las auditorías son realizadas por la empresa SEIQUER AUDITORES Y CONSULTORES SL.